Por culpa de una terrible tormenta, Link naufraga y acaba llegando a la costa de la misteriosa Isla Koholint. Si quiere regresar a casa, el valiente héroe deberá superar mazmorras desafiantes y enfrentarse a monstruos espeluznantes.
A medida que completes las mazmorras de la historia principal, conseguirás salas (piedras salizas) que podrás colocar para organizar mazmorras de salas. Coloca la entrada de la mazmorra, la guarida del jefe y muchas otras mientras recorres la nueva mazmorra e intentas completar los objetivos.